Im 15. MotoGP-Rennen der Saison 2012, dem Großen Preis von Japan auf dem Twin Ring Motegi, war es Jorge Lorenzo (Yamaha Factory Racing), der am besten vom Start weg kam, hatte allerdings alle Mühe, Pedrosa hinter sich zu halten. Randy de Puniet (Power Electronics Aspar) hatte Pech in der ersten Runde, als er nach wenigen Kurven stürzte, aber an letzter Position ins Rennen zurückkehren konnte, während Ben Spies (Yamaha Factory Racing) auf dem Weg in die zweite Runde ebenfalls stürzte.
Es war eine sturzreiche erste Rennphase, denn auch Yonny Hernandez (Avintia Blusens) landete mit seinem Motorrad im Kiesbett. Der Kolumbianer renkte sich bei dem Sturz das linke Schultergelenk aus und trug eine Prellung im linken Fuß davon.
Casey Stoner (Repsol Honda Team) befand sich nach einem guten Start an vierter Postition, direkt hinter dem Cal Crutchlow (Monster Yamaha Tech 3). Doch nach drei Runden musste Stoner Àlvaro Bautista (San Carlo Honda Gresini) vorbeiziehen lassen. Auch Stefan Bradl (LCR Honda MotoGP) machte an Position sechs liegend auf Stoner Druck, während er gleichzeitig Andrea Dovizioso (Monster Yamaha Tech 3) hinter sich in Schach halten musste.
17 Runden vor Schluss hatten Lorenzo und Pedrosa an der Spitze bereits eine Lücke herausgefahren, während Crutchlow ein einsames Rennen auf Platz drei fuhr. Stoner versuchte verzweifelt einen Weg an Bautista vorbei zu finden, doch der Spanier kämpfte mit harten Bandagen und ließ dem Australier keine Tür offen. Zwischenzeitlich hatte Valentino Rossi (Ducati Team) auf Platz acht Probleme, das Tempo von Dovizioso vor ihm mitzugehen und verlor den Anschluss. Nur zwei Runden später konnte Dovizioso an Bradl vorbeiziehen, um auf Stoner Jagd zu machen, der bereits über eine Sekunde Vorsprung hatte.
13 Runden vor Ziel hatte Pedrosa mehr Schwung aus Kurve vier und konnte Lorenzo auf der Geraden aus dem Windschatten überholen, um sich an die Spitze zu setzen. Während Lorenzo versuchte, an Pedrosa dranzubleiben, holte Bautista langsam aber sicher zu Crutchlow auf, der zuvor einen Sturz geradeso abfangen konnte. Fünf Runden später war De Puniet gezwungen, sein Rennen zu beenden, genau wie Iván Silva, Teamkollege von Hernandez. In derselben Runde ging Dovizioso an Stoner auf Platz fünf vorbei.
Sechs Runden vor Schluss hatte Pedrosa einen deutlichen Vorsprung auf Lorenzo herausgefahren, als eine Runde später Bautista aggressiv an Crutchlow vorbeiging. Crutchlow jedoch ließ das nicht einfach so auf sich sitzen und begann einen unterhaltsamer Kampf um den letzten Podiumsplatz. Der Brite schlug zurück und ging innen erneut vorbei, doch Bautista konterte in der folgenden Kurve, wo sich die beiden Rivalen sogar berührten. Doch der Zweikampf nahm ein unerwartetes und ärgerliches Ende für Crutchlow, als dessen Maschine in der letzten Runde der Sprit ausging und er nichts mehr gegen Bautista ausrichten konnte, am Ende nicht mal mehr den Weg bis ins Ziel schaffte.
Letztendlich gelang es Pedrosa erneut, die Nerven zu behalten und sich seinen zweiten Sieg in Folge und seinen fünften Saison-Sieg zu sichern. Lorenzo war Zweiter und Bautista ergatterte den dritten Platz, sein zweites Podium in diesem Jahr und in der Königsklasse überhaupt. Lorenzo sicherte sich zwar wertvolle 20 Punkte, büßte aber einiges an seiner WM-Führung ein. Nach dem heutigen Rennen liegt er nunmehr vor den letzten drei Rennen der Saison mit einem 28-Punkte-Polster vor Pedrosa. Der vierte Platz ging nach Crutchlows Ausfall an Dovizioso, gefolgt von Stoner, Bradl auf einem hervorragenden sechsten Platz, Rossi, Ducati-Pilot Nicky Hayden, Wildcard-Pilot Katsuyuki Nakasuga (Yamaha YSP Racing Team) und Héctor Barberá (Pramac Racing Team). Top-CRT-Pilot wurde De Puniets Teamkollege Aleix Espargaró. Danilo Petrucci (Came IodaRacing Project) hatte in der letzten Runde ein Problem und musste noch vor Zieleinfahrt das Rennen beenden.
