Der Samstag zum Shell Malaysia Motorcycle Grand Prix begann mit etwas schlechteren Umweltwerten, nachdem die MotoGP™ schon bei ihrer Ankunft in Malaysia von Rauchentwicklungen belastet wurde, die durch Waldbrände im nahe gelegenen Indonesien verursacht werden. Zum Zeitpunkt des Qualifyings der Königsklasse herrschten feucht heiße 32 Grad rund um den Sepang International Circuit.
Dani Pedrosa hatte schon im vierten Freien Training deutlich das Tempo vorgegeben und wiederholte seine Glanzleistung mit einer frühen schnellsten Runde von 1:59.053 Minuten. Damit sicherte sich der Repsol Honda Pilot die Pole Position, deutlich vor seinem Teamkollegen. Denn Marc Marquez kam nur bis auf 0.409 Sekunden auf Pedrosa heran, sicherte sich damit aber den zweiten Startplatz.
Valentino Rossi (Movistar Yamaha) drängte sich in letzter Sekunde an seinem Teamkollegen vorbei auf den dritten Rang und startet damit ebenso aus der ersten Reihe. Jorge Lorenzo fehlten am Ende 0.011 Sekunden auf Rossi. Der Italiener liegt in der Gesamtwertung mit elf Punkten vor Lorenzo und könnte sich schon an diesem Wochenende den Titel sichern.
LCR Honda Pilot Cal Crutchlow schnappte sich den fünften Rang und wird damit neben Lorenzo und Ducati Werksfahrer Andrea Iannone aus der zweiten Reihe losfahren. Andrea Dovizioso (Ducati) belegte den siebten Rang. Maverick Viñales (Suzuki Ecstar) und Bradley Smith (Monster Yamaha Tech 3) waren zuvor die einzigen beiden Piloten, die sich in Q1 die letzten Tickets für den zweiten Qualifying-Durchgang sichern konnten. Am Ende des zweiten Durchgangs landeten sie auf den Plätzen acht und neun.
Ein extrem starker Hector Barbera (Avintia Racing) sicherte sich den zehnten Rang vor Aleix Espargaro. Der Suzuki Pilot stürzte während des Qualifyings, blieb aber unverletzt. Monster Yamaha Tech 3 Pilot Pol Espargaro belegte den zwölften Rang.
Aprilia Racing Team Gresini Pilot Stefan Bradl belegte in Q1 den vierten Rang und wird das vorletzte Rennen der Saison damit von Startplatz 14 aus in Angriff nehmen.
